04/2009: Fernando Acuna nimmt für Paraguay an der Sub-17 Sudamericano (U-17 Südamerickameisterschaft) in Chile teil.

2010: Fernando Acuña ist U-20 Nationalspieler für Paraguay.

01/2011: Fernando Acuña nimmt für Paraguay an der Sudamericano Sub-20 Perú 2011 (Südamerikanische U-20 Meisterschaft) in Peru teil.